В инновационной лаборатории микробиологии проводятся исследования почвы на патогенные микроорганизмы, фитосантирной экспертизы семян, Фитопатологической экспертизы органов растений (листья, стебли, корни и т.д) и многое другое.
Лаборатория оснащена микробиологическим анализатором на базе времяпролетного масс-спектрометра BactoSCREEN, Амплификатором Real-time CFX96 Touch, Микроскоп биологический Микромед 2. Также имеется Государственная коллекция фитопатогенных микроорганизмов и сортов растений-идентификаторов патогенных штаммов Всероссийского научно-исследовательского института фитопатологии.
Для получения подробной информации по проведению исследований можно связаться с нами по почте vniif@vniif.ru или по телефону в рабочее время +7 (495) 597-42-28
Анализы лаборатории микробиологии:
1. Проверка почвы на патогенные микроорганизмы
-Метод почвенных комочков
При помощи этого метода удается фиксировать природные группировки почвенных грибов, выявлять формы грибов, обитающих в почве. Для проведения анализа используют среду Чапека, на которую в чашках Петри высевают почвенные комочки почвы, затем чашки Петри культивируются в термостате при 24°C в течение 7 суток. После культивирования происходит идентификация грибов с помощью метода микроскопирования.
Для проведения анализа 1 образца нужно предоставить 5-10 грамм почвы средней пробы.
-Метод разведения
Данный метод позволяет провести учет микромицетов и охватить не только различные споры (конидии), хламидоспоры и другие генеративные образования, но и отдельные части многоклеточных спор, обрывки (фрагменты) гиф, различные структурные фрагменты вегетативного мицелия, мицелиальные шнуры и т. п., способные в соответствующих условиях дать начало развитию новых грибниц и формированию колоний почвенных объектов исследования. Количественный учет микромицетов позволяет судить об общем числе грибных зародышей — диаспор в весовой единице почвы, т. е. составить относительное представление о степени заселенности исследуемого образца почвы микромицетами.
Для проведения анализа используют среду Чапека, на которую в чашках Петри высевают почвенную суспензию в разведениях 1 : 10, 1 : 100, 1 : 1000, 1 : 10000, затем чашки Петри культивируются в термостате при 24°C в течение 7 суток. После культивирования происходит идентификация грибов с помощью метода микроскопирования.
Для проведения анализа 1 образца нужно предоставить минимум 20 грамм почвы средней пробы.
2. Проведение фитосантирной экспертизы семян сельскохозяйственных культур
-Метод рулонов (для зерновых и зернобобовых)
При помощи этого метода удается определить основной состав фитопатогенных микроорганизмов, которые сохраняют в семенах. Для проращивания семян используют два слоя увлажненной до полной влагоемкости фильтровальной бумаги. Разложенные на бумаге семена накрывают такой же полоской увлажненной фильтровальной бумаги, поверх которой накладывают полоску полиэтилена, и сворачивают в рулон. Рулоны ставят вертикально в сосуды и помещают в термостат при температуре 22°С — 25 °С. Диагностика фитопатогенов семян проводят на 9 сутки.
Для проведения анализа 1 образца нужно предоставить минимум 200 грамм семян средней пробы.
-Метод искусственных питательных сред
При помощи этого метода удается определить основной состав фитопатогенных микроорганизмов, которые сохраняют в семенах и возможность выделения фитопатогена в чистую культуру. Для проведения анализа семена раскладывают на питательную среду КГА (Картофельно-глюкозный агар) в чашки Петри (1 образец пятикратная повторность) и культивируют в термостате при 24°C в течение 7 суток. После образования колоний грибов происходит идентификация с помощью метода микроскопирования.
Для проведения анализа 1 образца нужно предоставить минимум 50 грамм семян средней пробы.
3. Фитопатологическая экспертиза органов растений (листья, стебли, корни и т.д)
-Метод искусственных питательных сред
Данный метод позволяет определить, какие основные фитопатогенные организмы находятся в растительном материале. Для проведения анализа органы растения раскладывают на питательную среду КГА (Картофельно-глюкозный агар) в чашки Петри (1 образец пятикратная повторность) и культивируют в термостате при 24°C в течение 7 суток. После образования колоний грибов происходит идентификация с помощью метода микроскопирования.
Для проведения анализа 1 образца нужно предоставить чистый от почвы растительный материал, желательно максимально свежий, так как со временем начинают образовываться сапротрофы, и невозможно будет определить первоначальный состав фитопатогенов. Следует отправить минимум 5-10 растений на один образец.
Оборудование лаборатории микробиологии
Описание оборудования лаборатории микробиологии
Микробиологический анализатор BactoSCREEN.
На базе времяпролетного масс-спектрометра LaserToF LT2 Plus (масс-спектрометр производства компании Scientific Analysis Instruments, Великобритания) создана первая отечественная система масс-спектрометрической идентификации микроорганизмов — микробиологический анализатор BactoSCREEN.
В основе системы идентификации используется алгоритм, позволяющий быстро и точно производить идентификацию микроорганизмов по их белковому спектру. Идентификация в BactoSCREEN происходит по рибосомальным белкам, которые являются уникальными для любых микроорганизмов.
BactoSCREEN представляет собой многоцелевые измерительные системы, состоящие из лазера, ионного источника, вакуумной камеры, анализатора масс и управляющего компьютера. Ионизация производится лазерным излучением, взаимодействующим с пробами, на которые предварительно наносится матрица (метод MALDI). Возможность программируемого сканирования проб обеспечивает высокую производительность анализов (до 96 за одну загрузку системы). Детектирование ионов осуществляется в вертикально расположенном времяпролетном анализаторе в линейном режиме.
Кроме того, в системе BactoSCREEN используется дополнительный механизм подтверждения идентификации по белковым масс-спектрам с использованием данных геномных последовательностей, имеющихся в таких мировых публичных репозитариях, как GenBank, PATRIC. При этом масс-спектры, полученные в ходе работы на приборе, сравниваются уже не со спектрами из базы данных BactoSCREEN, а с белковыми спектрами, которые по специальному алгоритму реконструируются на основе имеющейся в репозитории геномной последовательности идентифицированного микроорганизма.
ПО BactoSCREEN позволяет производить кластерный и корреляционный анализ, что дает возможность проводить субтипирование микроорганизмов.
В ПО BactoSCREEN имеются специальные разделы для выполнения исследований чувствительности к антибиотикам по гибели бактериальных клеток. Кроме того, существует и возможность по выявлению резистентных штаммов на базе технологии обнаружения специфических продуктов биодеградации антибиотиков (выявление бета-лактамазной и карбопенемазной активности).
Бокс ламинарный микробиологической безопасности ЛБ2К
Ламинарные боксы производства ООО фирма «Проинтех» (P.I.T.). Класс II (тип А2) – защита продукта, оператора и окружающей среды. Согласно требованиям СП 1.3.2322-08, СП 1.3.2518-09 и СП 1.3.1285-03 бокс ЛБ-2К может применяться для оснащения учреждений, работающих с микроорганизмами III–IV групп патогенности (вирусологические и бактериологические лаборатории).
Отличительная особенность ламинара — это высокая эффективность очистки воздуха от взвешенных частиц (99,995%), размер которых превышает 0,2 мкм (MPPS — Most Penetrating Particle Size, т.е. по частицам наиболее проникающего размера). Таким образом, бокс полностью соответствует ГОСТу Р 51251-99 (EN1812), разработанному для фильтра класса H14 – он оборудован фильтром тонкой очистки воздуха — HEPA (High Efficiency Particulate Absorption). Класс чистоты воздуха в рабочей зоне соответствует ГОСТу Р ИСО 14644-1-2002 (частицы 0,5 мкм) 5ИСО.
Бокс ламинарный микробиологической безопасности ЛБ2К (артикул ЛБ-2К) имеет ширину 1800 мм и микропроцессорное управление.
Переднее «стекло» выполнено из поликарбоната, устойчивого к УФ излучению. Боксы изготовлены из европейских материалов высокого качества
Бокс для ПЦР UVT-S-AR с УФ-рециркулятором (с таймером)
Бокс для стерильных работ UVT‑S‑AR применяется для чистой работы с ДНК-пробами. Обеспечивает защиту от контаминации.
Бокс оснащен одной открытой УФ‑лампой, установленной в верхней части бокса. УФ-излучение дезинфицирует рабочую поверхность, инактивируют фрагменты ДНК/РНК в течение 15–30 минут. Цифровой таймер контролирует длительность прямого ультрафиолетового облучения. Лампа дневного света обеспечивает освещение рабочего места.
Бокс оснащен бактерицидным проточным УФ-Рециркулятором воздуха AR, обеспечивающим постоянную дезинфекцию внутри бокса во время работы. Рекомендованы при работе с ДНК/РНК ампликонами.
УФ-Рециркулятор воздуха AR состоит из УФ-лампы, вентилятора и антипылевого фильтра, заключенных в специальный корпус. Включенный рециркулятор увеличивает максимум плотности УФ-лучей, что является достаточно эффективным для ДНК/РНК инактивации, при этом через него прокачивается 100 объёмов бокса за 1 час, что создает постоянные асептические условия работы внутри бокса.
Термостат электрический с охлаждением ТСО-1/80
Предназначен для получения и поддержания внутри рабочей камеры температуры в диапазоне от +5°С до +60°С, необходимой для проведения анализа на БПК, бактериологических и других исследований.
Объем рабочей камеры 80л. Предельное отклонение температуры по объему камеры ±1°С.
• Рабочая камера термостата выполнена из зеркальной нержавеющей стали производства Германии.
• Автоматическое регулирование и поддержание заданной температуры, не зависящей от температуры окружающей среды
• Широкий диапазон задаваемых температур
• Непрерывное измерения температуры в рабочей камере термостата
• Цифровая индикация текущей и заданной температур на основе светоизлучающей элементов
• Освещение внутренней камеры
• Сигнализация аварийной ситуации
Микроскоп биологический Микромед 2
Бинокулярный микроскоп Микромед 2 (вар. 2 LED М) предназначен для исследований препаратов в проходящем свете по методу светлого поля, а также по методу темного поля, поляризации и фазового контраста в комплекте с соответствующими устройствами, поставляемыми по дополнительному заказу.
Микроскоп рассчитан на длину тубуса 160 мм, объективы стандарта DIN, парфокальная высота объективов 45 мм.
Светодиодный источник проходящего света высокой мощности. Светодиод поддерживает постоянную цветовую температуру, близкую к солнечному свету. Он дает яркий белый свет и не требует дополнительных светофильтров при наблюдении в светлом поле и фотографировании. Система освещения обеспечивает стабильную яркость, а перепада цветовых температур никогда не возникает, даже при длительных периодах работы. По сравнению с галогеновой лампой, светодиод имеет более низкую величину рассеивания мощности. Светодиод обеспечивает яркое освещение всего поля, сравнимое по яркости с галогенной лампой 30 Вт.
Поворотная визуальная насадка конструкции Gemel. Межзрачковое расстояние изменяется в пределах 47-75 мм. Визуальная насадка поворачивается на 360°. Пользователь может выбрать положение выноса зрачка в соответствии с собственным ростом. Так, если межзрачковое расстояние составляет 65 мм, то при повороте передней части визуальной насадки на 180° можно поднять окулярные тубусы на 40 мм.
Система формирования изображений с широким полем. Окуляры, используемые в микроскопе Микромед 2 (вар. 2 LED M), имеют поле зрения Ø20 мм, удаленный зрачок и регулировку диоптрий на каждом окуляре. Объективы, входящие в комплект микроскопа, рассчитаны на линейное поле зрения в плоскости изображения 18 мм. Таким образом поле зрения микроскопа ограничивается объективами. А окуляры с большой фронтальной линзой обеспечивают комфорт пользователя и возможность работы в очках. Окулярные тубусы имеют надежную конструкцию крепления окуляров, которая исключает возможность случайного выпадения окуляров при перемещении микроскопа.
